S.T.A.L.K.E.R: Shadow of Chernobyl представляет всем любителям для создания собственных модификаций поистине огромный простор. Причин для этого существует несколько. Одной из самых главных является тот факт, что выпущенная в продажу версия игры обладала большим количеством удаленного контента. Об этом контенте долгое время говорилось непосредственно до выхода игры, включая его в список её особенностей. В частности, речь может идти о заявленной разработчиками возможности управлять транспортными средствами, которая не была включена в финальный билд игры. Однако, эта особенность была в скором времени возвращена людьми, которые занимались изготовлением собственных модов. Простота изготовления была обусловлена тем, что в конфигурационных файлах игры сохранились скрипты, которые отвечали за работу этой возможности, оставалось только доделать их и разместить транспорт, что и было сделано командой мододелов. Помимо возможности использования транспортных средств, разработчики также не включили в финальную версию игры множество обещанных видов монстров, оружия и даже локаций с артефактами.
Всё это в достаточно скором времени было возвращено независимыми командами, которые занимались не только доведением игры S.T.A.L.K.E.R: Shadow of Chernobyl до того вида, о котором постоянно говорили разработчики до появления её на прилавках, но и тем, что добавляют в неё много нового, как то задания, оружие, броню и артефакты. Такие моды, как АМКMOD позволяют перевернуть весь классический геймплей S.T.A.L.K.E.R: Shadow of Chernobyl буквально с головы до ног, добавляя в оригинальную игру массу новых случайно генерирующихся заданий, персонажей, образцов брони и вооружения.
Вообще, моды для S.T.A.L.K.E.R: Shadow of Chernobyl варьируются от банальной замены моделей вооружения и брони на альтернативные, например, футуристичные лазерные винтовки или наоборот, проржавевшие образцы вооружения времен холодной войны, до самых настоящих полноценных модификаций, в которых даже сюжет отличается от того, что подаётся в оригинальной игре.
