STALKER Чистое Небо может похвастаться наличием некоторых элементов в геймплее, которых не было в оригинальной игре. Самым заметным новшеством по праву является заявленная война группировок. Суть её заключается в том, что игрок может помочь какой-либо из наличествующих в Зоне Отчуждения групп, выполняя определенные задания. В основном требуется просто захватить конкретный объект, находящийся в распоряжении вражеской группировки. Сложностей с выполнением таких заданий возникнуть не должно – всё, что будет требоваться от игрока, так это точность и наличие определенного количества аптечек. Порой дружественная группировка будет просить заполучить в распоряжение образец оружия или же снаряжения – такие задания, по сути, являются вариацией на тему захвата объекта, только с учетом того, что после уничтожения всех противников в области нужно будет забрать искомый предмет. По завершению череды подобных квестов вы получите сообщение о том, что группировка противника на данной локации побеждена. Однако, не стоит забывать о том, что отряды врагов будут регулярно появляться в локации и пытаться отбить опорные точки себе обратно. Кроме того, если всех союзников на объекте ночью вырежут мутанты, то объект перейдет под контроль противника.
Также в новшества можно записать и измененную систему поиска артефактов. Теперь они не валяются богатыми россыпями возле аномалий – для того, чтобы артефакт стал видимым, на него необходимо будет воздействовать детектором с близкого расстояния, что чревато попаданием в аномалии. В таких ситуациях рекомендуется активно использовать болты и аптечки для того, чтобы вылезти из аномалии и живым, и с заветным артефактом в инвентаре.
При прохождении основной сюжетной линии стоит параллельно участвовать в войнах группировок и выполнять дополнительные задания, так как это сулит хорошими образцами брони и оружия, что значительно снизит сложность многих сюжетных квестов. Не стоит забывать и про систему ремонта и модернизации оружия и бронежилетов – грамотные модификации способны превратить слабое оружие в очень сильное. В основном, сюжетные миссии не представляют никакой сложности, стоит остановиться, только, пожалуй, на игровом боссе – вертолете. В принципе, он не настолько грозен, как кажется – если у вас имеется РПГ или даже пулемет с достаточным количеством боеприпасов, он не предоставит для вас никакой угрозы. Бой со Стрелком на крыше ЧАЭС невероятно легок – вам всего лишь стоит несколько раз попасть в голову сталкеру из аналога винтовки Гаусса из «Тени Чернобыля». Сделать это можно не сходя с места – Стрелок, откровенно говоря, подыгрывает игроку и специально медлит.